Handeln med utsläppsrätter är ett europeiskt fungerande ekonomiskt styrmedel medan miljöbalken reglerar verksamheters miljöpåverkan. De är fundamentalt olika.
Tillståndsprocesserna för de olika regelverken har olika syften och bör inte kombineras. Om handelssystemet skulle integreras i miljöbalken finns dessutom risk att det påverkar hur andra delar av balken ska tolkas och användas.